하드웨어 싸움에서는 결코 밀리지 않았지만 소프트웨어에서 애플을 따라잡지 못한 것이 주요 패인이었다.
프리즘과 크래프트 이후 이렇다 할 히트작을 만들지 못한 것도 레인콤이 흔들렸던 이유다. MP3플레이어 시장은 2000년대 중반 이후 레드오션으로 변하고 있어 이를 대체할 새로운 먹거리를 찾았어야 했지만, 새롭게 선보인 컨버전스 기기들의 실적은 그리 좋지 못했다. 게임과 멀티미디어를 동시에 사용할 수 있는 와이브로 기기 '아이리버 G10'에 사활을 걸었지만 결국 출시조차 되지 못했다. 국내 시장에서는 명맥을 유지했지만, 이마저도 MP3플레이어와 전자사전에 기댄 매출이었다.
주가와 매출액은 나란히 하향곡선을 그렸다. 2006년 말 보고펀드의 투자 유치에 성공했으나 암흑기를 벗어나기에는 역부족이었다. 2009년에는 레인콤에서 아이리버로 사명도 변경했으나 큰 변화는 없었다. 한때 2000명이 넘었던 직원 수는 100명 이하로 줄었다. 스마트폰의 출시로 MP3플레이어는 물론 멀티미디어 기기들도 시장에서 사장되기 시작하면서 13분기 동안 적자를 기록하기도 했다.
